Dopo la scoperta della Terra Cava, il mondo non è più lo stesso. Kong ne abita le profondità e cerca altri della sua specie, mentre Godzilla nuota nei mari di superficie sfidando e tenendo a bada gli altri titani in giro per il mondo, per esempio a Roma. Nella Terra Cava però strane scosse turbano tanto Kong quanto l'unica sopravvissuta di Skull Island, la giovane Jia, adottata dalla scienziata Ilene Andrews. Quest'ultima, per comprendere cosa sta succedendo a Jia, si affida al complottista Bernie Hayes e realizza il suo sogno: visitare la Terra Cava. Qui però titanici mostri scorrazzano ovunque, persino le piante sono pericolose e soprattutto qualcosa sembra si stia risvegliando nelle profondità. Una profezia rivelerà che questi eventi sono legati tanto a Godzilla, che infatti inizia a dare la caccia a quanti più nemici possibili per assumerne il potere fino, quanto a Kong e a Jia.