Codice Unlocked racconta la storia dell'agente della CIA Alice Racine (Noomi Rapace). Durante un interrogatorio serrato, riesce a estorcere al prigioniero, un corriere che lavora per una cellula terroristica, preziose informazioni riguardo un imminente attacco a un obiettivo americano nel Regno Unito. Solo dopo aver riferito i delicati risultati dell'interrogatorio a Frank Sutter, uno dei responsabili dell'operazione, si rende conto di aver commesso un errore madornale: se Sutter è una talpa come crede, si è resa involontariamente complice dei terroristi fornendogli le informazioni necessarie a realizzare l'attentato. A questo punto per Alice inizia una corsa contro il tempo, lei è la sola che può fermare l'attacco biologico che sta per colpire Londra.

A New York l'estate del 1977 è segnata dai delitti commessi da un misterioso serial killer chiamato in un primo momento "l'assassino della 44" e poi "Figlio di Sam". Il malavitoso Vinny, mentre di sera è in intimità con la cugina della moglie, scampa ad un agguato e crede di essere una prossima vittima designata: lo tormenta il senso di colpa verso la moglie Dionna, che ama ma insieme tradisce di continuo. Mentre sulla stampa e in televisione si moltiplicano inchieste, allarmi, ipotesi sull'identità del colpevole, Petrocelli, poliziotto italo-americano, si risolve a chiedere assistenza e aiuto a Luigi, boss locale e suo ex-padrino.